Type de contrat : Stage pour étudiants de Master 2
Date/ Lieu :1er semestre 2027/ INRAE Jouy-en-Josas – PAPPSO et Excilone
Gratification : Oui
ENVIRONNEMENT/ STRUCTURE D’ACCUEIL :
La Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris-Sud Ouest (PAPPSO, http://pappso.inrae.fr) est spécialisée dans les questions de protéomique par des approches de spectrométrie de masse haute résolution. Elle fait partie de l’institut Micalis (https://www.micalis.fr/fr/accueil/), implanté sur le site INRAE de Jouy-en-Josas (78) où le stage se déroulera. Son expertise couvre aussi bien l’analyse d’organismes procaryotes qu’eucaryotes. PAPPSO est certifiée ISO 9001 et est labellisée Infrastructure Scientifique Collective (ISC) par INRAE et IbiSA (Infrastructure biologie santé et agronomie, label inter organisme de recherche). Elle fait partie du réseau des infrastructures nationales de protéomique ProFI (https://www.profiproteomics.fr).
Excilone (https://www.excilone.com) est une société spécialisée dans l’analyse de microquantité de prélèvements issus de compartiments cellulaires et subcellulaires, par imagerie ou par caractérisation de leur contenu en biomolécules grâce aux approches «omics ». Récemment, en plus de microdissection laser (LCM), Excilone a développé une technologie robotisée MiniPunch® permettant de réaliser des micro-carottages à partir de blocs FFPE destinés à la caractérisation moléculaire de cellules ciblées et pré-enrichies dans la région d’intérêt (projet MiniPunch financé par BPI).
CONTEXTE :
Les micro-prélèvements de foie de souris C57BL/6, fixés au formol et inclus en paraffine (blocs FFPE) seront réalisés à l’aide du système MiniPunch (Excilone). Les protéines seront extraites selon différentes approches, puis analysées par spectrométrie de masse. Le workflow développé sera validé ultérieurement sur les prélèvements FFPE issus de différents tissus (eg. rate, reins, poumons, etc.).
MISSIONS/OBJECTIFS :
L’objectif de ce stage est d’optimiser la caractérisation des protéines en très faibles quantités dans le micro-carottages réalisés avec le système MiniPunch.
- Optimiser la préparation des protéines en vu de leur analyse LC-MS/MS.
- Optimiser les méthodes d’acquisition adaptées à l’analyse de ces très faibles quantités de protéines
- Traiter et analyser les données à l’aide de logiciels développés par PAPPSO et de scripts R dédiés.
PROFIL DU CANDIDAT :
Le(la) candidat(e) devra posséder des connaissances en biologie, biochimie ou chimie. Une expérience dans les stratégies protéomiques ou la spectrométrie de masse sera appréciée ainsi que des connaissances en R. Le(la) candidat(e) devra être rigoureux(se), organisé(e) et présenter une bonne aptitude au travail en équipe.
ENCADRANTE :
Céline Henry (PAPPSO), Carine Machado Rodrigues (PAPPSO) et Zuzana Krupova (Excilone)
celine.henry@inrae.fr ; carine.rodrigues-machado@inrae.fr ; zuzana.krupova@excilone.com
