Retour de congrès : EuPA 2025

EuPA et son rôle dans le monde de la science

L’Association européenne de protéomique (The European Proteomics Association, EuPA) est une fédération composée de 23 sociétés nationales européennes de protéomique fondée en 2005 afin de coordonner et intégrer les initiatives nationales dans le domaine de la protéomique. Ses principaux objectifs sont de renforcer et de promouvoir la recherche fondamentale et ses applications, ainsi que l’éducation et la formation dans tous les domaines de la protéomique à travers l’Europe.

Chaque année, EuPA organise une conférence en Europe afin de rassembler la communauté européenne de la protéomique et de la spectrométrie de masse pour échanger sur les dernières actualités de ces disciplines. Cette année, elle a eu lieu du 16 au 20 juin 2025 au Palais du Grand de Saint-Malo (France), une magnifique ville fortifiée située sur la côte nord de la Bretagne (voir paragraphe ci-après).

Le congrès était très dense : nous avons alterné des temps de lectures plénières avec des sessions se déroulant en simultanées dans trois amphithéâtres différents. Par conséquent, nous n’avons pas pu assister à toutes les conférences. Deux sessions consacrées aux posters ont aussi été organisées : l’une se déroulant du 16 au 18 juin, et l’autre du 18 au 20 juin. Ainsi, de très nombreux sujets ont été couverts lors de ce congrès, mais malgré qu’ils soient tous plus intéressants les uns que les autres, nous avons dû faire des choix. Nous avons donc choisi d’aborder ici l’immunopeptidomique, la bioinformatique, les modifications post-traductionnelles (PTMs) et l’imagerie et protéomique spatiale. Enfin, nous terminerons par quelques lignes pour vous faire part de nos ressentis personnels.

Saint-Malo, la cité corsaire

Saint-Malo tient son nom du moine Mac Low qui fut l’évèque d’Aleth au VIème siècle, la cité voisine du rocher d’Aaron. A la mort de l’évèque, les reliques de Malo furent transférées sur le rocher d’Aaron qui prit le nom de Saint-Malo-de-l’Isle. Au XVIIème siècle, Saint-Malo devient un port de guerre et de commerce florissant grâce à sa position stratégique entre la Manche et l’Atlantique. Elle abrite de nombreux corsaires, qu’il ne faut pas confondre avec les pirates ! En effet, le pirate est un hors-la-loi, là où le corsaire agit pour le roi de France. Ces corsaires s’emparent des navires ennemis et de leurs richesses contribuant ainsi à la prospérité de Saint-Malo. Lors de la Révolution française, la ville perd son statut d’évêché et les activités corsaires deviennent illégales. La ville continue néanmoins de prospérer grâce au commerce maritime. Durant la Seconde Guerre Mondiale, Saint-Malo est fortement touchée par des bombardements et sera presque entièrement détruite. Un vaste projet de reconstruction est alors lancé pour lui redonner vie. Aujourd’hui, Saint-Malo est devenue une destination touristique prisée pour sa beauté et son patrimoine historique riche. La ville accueille chaque année des évènements majeurs comme la Route du Rhum, la course transatlantique en solitaire et le festival littéraire Etonnants Voyageurs, ou encore EuPA 2025 ! Même si vous n’avez pas eu l’occasion de venir à EuPA 2025, nous ne pouvons que vous conseiller de faire un détour par Saint-Malo et sa région lors de vos prochains congés, vous ne serez pas déçu.e.s du voyage !

L’immunopeptidomique dans l’ère de la médecine de précision

Durant le congrès, une session intitulée « peptidomics and small proteins » a permis de mettre en avant et de nous présenter une discipline en plein essor dans le monde de la protéomique : l’immunopeptidomique. Cette spécialité consistant à étudier les peptides présentés par les molécules du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) a été brillamment abordée par de nombreux intervenants, notamment lors des présentations orales de Jennifer Ablin, Chiara Provasi, David Gomez-Zepeda et Jeewan Babu Rijal qui ont soulevé.e.s les défis techniques de l’immunopeptidomique mais également ses potentiels dans la création d’immunothérapies et vaccins pour les patients atteints de cancers. En effet, une des principales difficultés analytiques de cette discipline correspond à la faible quantité d’immunopeptides lorsque la quantité d’échantillon disponible est limitée, il est donc nécessaire d’optimiser les méthodes d’analyses de ces peptides. Au cours de sa présentation orale intitulée « MAETi, mild acid elution tip, enables immunopeptidome profiling from 10 000 cells », David Gomez-Zepeda nous a présenté l’approche MAETi (Mild Acid Elution in a Tip), une technique sans anticorps permettant d’analyser les immunopeptides liés au CMH de classe I en utilisant un tampon acide doux contenant de l’acide trifluoroacétique (TFA) ou de la β-Alanine directement sur les cellules afin de déstabiliser les liaisons entre les CMH-1 et les peptides sans détruire les cellules. Le surnageant contenant les peptides décrochés est chargé sur des EVOtips avec un embout contenant une membrane de C18 afin de retenir les peptides et éliminer les sels et contaminants. Les peptides sont ensuite élués avec un solvant plus fort contenant généralement de l’acétonitrile et du TFA puis analysés par chromatographie liquide couplé à la spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS). Cette approche permet à la fois de partir d’un faible nombre de cellules, de réduire le bruit de fond lors de l’analyse en éliminant les contaminants mais également d’améliorer la couverture peptidique et d’augmenter la reproductibilité. Ainsi, cette méthode ouvre de nombreuses possibilités et offre des perspectives prometteuses pour la compréhension de la biologie du cancer et la création de nouvelles immunothérapies.

Protéomique & Bioinformatique

Lorsqu’on parle de protéomique, la bioinformatique n’est jamais très loin. Nous avons donc pu assister ponctuellement tout au long du congrès à de nombreuses conférences, « flash talks » et posters sur le sujet de la bioinformatique appliquée à la protéomique ; notamment lors des sessions « Proteomics 101 » et « AI and bioinformatics ». Parmi toutes ces riches interventions, celle de Lennart Martens intitulée « Rise of the robots » a particulièrement retenu notre attention. Lors de cette présentation, il nous a rappelé l’intérêt de PRIDE (PRoteomics IDEntifications database) qu’il a conçu en 2003 afin d’archiver toutes données de spectrométrie de masse issues de la protéomiques afin d’améliorer la reproductibilité de la recherche, et permettre l’application de mesures de contrôle qualité. Il a aussi abordé la question des modifications post-traductionnelles (PTMs), un phénomène extrêmement important dans les systèmes biologiques qui « montre la dynamique des protéines à l’intérieur de la cellule » comme il le dit lui-même. Il a notamment indiqué qu’il travaillait sur deux nouveaux outils, Scop3PTM et PTMVision, dont l’objectif est d’identifier ces PTMs. Pour les décrire rapidement, Scop3PTM est une base de connaissances interactive sur les PTM humaines, construite à partir du retraitement de toutes les expériences protéomiques humaines disponibles dans PRIDE. PTMVision quant à lui permet de visualiser le protéome d’intérêt à l’échelle du PTM. Enfin, il a abordé l’utilisation grandissante de l’intelligence artificielle (IA) et du « maching learning » dans l’analyse protéomique.

Ce fut une bonne entrée en matière pour la seconde conférence qui nous a marqué : « Deep learning models for protein amino acid sequence determination » de Lukas Käll, le créateur de Percolator.

L’enjeu des modifications post-traductionnelles (PTMs)

L’étude des PTMs est incontournable en protéomique, c’est pourquoi nous avons eu l’occasion d’assister à de nombreuses présentations sur cette thématique, à la fois orales lors de la session « PTMs and Glycoproteomics » du jeudi 19 juin, mais également à travers de nombreux posters. La conférence plénière intitulée « The functional relevance of protein post-translational regulation » de Pedro Beltrao, gagnant du prix « Juan Pablo Albar Proteomics Pioneer » décerné par EuPa en 2024, a également retenu notre attention.

A travers son travail et celui de son équipe, il nous a rappelé que malgré la découverte de nombreux PTMs ces dernières années, nous ne comprenons pas encore exactement comment toutes ces modifications modulent la fonction des protéines. Suite à des études sur l’évolution des organismes, ils ont émis l’hypothèse qu'une partie des sites de modification des protéines pourrait être non fonctionnelle, ce qui nécessiterait le développement de méthodes permettant de hiérarchiser les PTMs les plus critiques pour la cellule. Avec son équipe, ils ont donc développé des approches expérimentales et computationnelles, notamment une approche d'apprentissage automatique permettant d’évaluer les phosphosites humains en fonction de leur pertinence pour la santé de l'organisme. Cette approche pourrait donc nous permettre de mieux comprendre le rôle des phosphorylations sur les protéines.

Notre avis sur EuPA 2025

Dr Salomé Sauvage

Je souhaiterais tout d’abord remercier la Société Française de Protéomique (FPS) de m’avoir accordée une bourse afin que je puisse participer au congrès EuPA 2025 et le comité d’organisation d’EuPA 2025 pour m’avoir donné l’opportunité de présenter mes travaux de recherche au sein de la Plateforme Protéomique de l’IMM de Marseille sous la forme d’un poster.

Le congrès EuPA 2025 a été fort enrichissant, j’ai apprécié qu’il y ait un éventail aussi large de sujets abordés autour de la protéomique. Cela m’a permis de me mettre à jour des dernières connaissances sur mes sujets d’études, à savoir les PTMs, et de découvrir de nouvelles approches comme la protéomique spatiale. J’ai particulièrement apprécié les conférences sur le thème de la bioinformatique, et surtout les présentations de Lennart Martens. J’ai aussi été marquée par la conférence de Franck Zal, c’est la première fois que j’assiste à une conférence qui montre le lien qui existe entre la recherche fondamentale et la recherche appliquée, nous savons que ce lien existe mais c’est la première fois que j’en vois un exemple concret.

J’étais très heureuse de présenter un poster sur mes premiers travaux réalisés au sein de la Plateforme Protéomique de l’IMM en collaboration avec la Dr Marie Corteggiani sur la contribution de la chaperone Hsp90 dans la protéostasie et l’adaptation au stress chez Shewanella oneidensis. J’ai eu des échanges très intéressants avec mes pairs me permettant de proposer de nouvelles perspectives pour la poursuite de ce travail.

Malgré une excellente organisation sur place, je suis déçue de la manière dont a été gérée la session poster. Tout d’abord, il y avait deux sessions posters : l’une du 16 au 18 juin, et l’autre du 18 au 20 juin ; mais certains « flash talks » intervenants entre le 18 et le 20 juin faisaient référence à des posters exposés lors de la première session. Nous ne pouvions donc plus aller les voir.

Ensuite, contrairement aux autres congrès que j’ai pu réaliser, il n’y avait pas de créneaux de temps dédiés aux posters. Par conséquent, si nous souhaitions échanger avec nos pairs, il fallait que nous soyons constamment à côté de notre poster durant les temps de pause et de repas. Le congrès étant dense, c’était difficile de n’avoir aucun moment de pause même si notre session poster durait seulement deux jours. Enfin, les lieux d’exposition des posters n’étaient pas équitables en termes d’attractivité : une partie des posters était exposée dans la salle de restauration alors que l’autre partie était exposée dans une salle à part. Il était donc plus facile d’aller regarder les posters de la salle de restauration plutôt que ceux de la salle isolée.

Malgré cette déception, j’ai passé un excellent congrès, et j’ai hâte de me rendre à EuPA 2026 si j’en ai la possibilité !

 

Célia Jardin

En premier lieu, je tiens à remercier la Société Française de Protéomique qui m’a offert l’opportunité de participer au congrès EuPa 2025 organisé à St-Malo en m’attribuant une bourse ainsi que le comité d’organisation d’EuPa 2025 pour m’avoir permis de présenter une partie de mon travail à travers la présentation d’un poster.

Assister à ce congrès fut une expérience très instructive pour moi, elle m’a permis de découvrir de nombreux domaines d’applications en protéomique mais également de nouvelles méthodes d’analyses à travers des conférences passionnantes avec différents domaines d’applications. Cette opportunité m’a permis d’enrichir mes connaissances à la fois en immunopeptidomique, mais aussi en analyse des PTMs, en métaprotéomique et également en méthodes d’analyse « single-cell ».

J’ai été ravie de présenter mon poster sur la comparaison de différents logiciels d’analyse de données pour la phosphoprotéomique en utilisant les modes d’acquisition DIA et DDA ; présenter mon travail m’a permis d’échanger avec mes pairs et d’acquérir de nouvelles perspectives pour compléter mon travail bien que les créneaux dédiés aux séances de présentation des posters étaient malheureusement assez courts. C’était la première fois que j’assistais à un congrès organisé par EuPa, c’est pourquoi je suis heureuse d’avoir eu cette opportunité, j’ai vraiment apprécié ce congrès mais je regrette de ne pas avoir pu participer à certaines sessions qui avaient lieu en parallèle. En effet, le congrès était très dense et toutes les sessions me semblaient intéressantes même si elles ne faisaient pas forcément partie du domaine d’application sur lequel je travaille, ce qui s’est donc avéré un peu frustrant pour moi mais j’ai tout de même adoré cette expérience et j’ai vraiment hâte de participer à de nouveaux congrès afin de découvrir de nouvelles approches en protéomique !