Développement de stratégies de protéomique innovantes pour l’oncologie pédiatrique
Chaque année, environ 300 enfants reçoivent un diagnostic de cancer au Québec. Le programme SIGNATURE, vise à offrir à chacun un profilage biologique approfondi afin d'orienter vers des thérapies personnalisées. Si les approches génomiques et transcriptomiques utilisées fournissent déjà des informations précieuses, elles ne mesurent pas directement les véritables effecteurs des fonctions biologiques : les protéines. C’est dans ce contexte, en étroite collaboration avec des chercheurs cliniciens spécialisés en cancers pédiatriques, que la Plateforme Protéomique du Centre de recherche du CHU de Québec – Université Laval, dirigée par le Pr. Arnaud Droit, a pour ambition d’intégrer l’analyse protéomique au programme SIGNATURE. L’objectif est de développer et d’optimiser des méthodes adaptées aux échantillons cliniques complexes et limités, tels que les microbiopsies tumorales et les cellules uniques, afin de mieux comprendre les cancers pédiatriques et de contribuer à la mise en place de stratégies thérapeutiques ciblées.
Le projet doctoral portera sur le développement de nouvelles approches de protéomique de pointe, notamment la protéomique Single Cell, rendue possible grâce à un spectromètre de masse de nouvelle génération, l’Orbitrap Astral, récemment acquis à Québec. L’étudiant ou l’étudiante participera à toutes les étapes de la démarche, depuis la préparation des échantillons et l’acquisition des données de spectrométrie de masse jusqu’au traitement bioinformatique des données, avec pour finalité l’application directe de ces méthodes à des échantillons cliniques. Le projet comprendra également un volet d’intégration des données protéomiques avec les informations issues de la génomique et de la transcriptomique, afin de renforcer l’interprétation biologique et de produire des résultats utiles à la clinique.
Le doctorat se déroulera principalement au sein de la Plateforme Protéomique du CRCHU de Québec – Université Laval (Ville de Québec, Canada), dans un environnement interdisciplinaire regroupant experts en protéomique, bioinformatique et oncologie pédiatrique. Une partie du séjour doctoral sera réalisée sur la Plateforme Protéomique de Toulouse (France), partenaire-clé dans le développement des approches de protéomique Single Cell. L’étudiant ou l’étudiante interagira étroitement avec les chercheurs cliniciens impliqués dans le programme Signature, ainsi qu’avec les membres du Laboratoire de Biologie Computationnelle (ADLab), bénéficiant ainsi d’un encadrement riche et multidisciplinaire.
Ce projet de doctorat s’adresse à un ou une candidate titulaire de (ou en voie d’obtenir) un Master en biologie, biochimie, biotechnologies ou disciplines connexes, intéressé·e par la recherche translationnelle et motivé·e par le travail interdisciplinaire à l’interface de la protéomique, de la bioinformatique et de la médecine. Le financement prendra la forme d’une bourse doctorale, et le projet sera encadré par le Pr. Arnaud Droit en collaboration avec ses partenaires scientifiques et cliniques.
Pour postuler
- Envoyer un CV et une lettre de motivation à envoyer à Pr. Arnaud Droit : arnaud.droit@crchudequebec.ulaval.ca
- https://compbio.ca/
- https://www.crchudequebec.ulaval.ca/plateformes-et-services/genomique/proteomique/
