Congrès EuPA 2025

Je souhaite remercier la FPS de m’avoir accordé cette bourse qui m’a permis de participer au congrès EuPA 2025, qui s’est tenu à Saint-Malo du 16 au 20 juin 2025, au Palais des Congrès. Cette bourse a couvert principalement les frais de déplacement et d’inscription, me permettant de présenter mes travaux sous forme de poster et d’interagir avec la communauté de protéomique européenne.

Le congrès EuPA 2025 a été un événement de grande ampleur rassemblant chercheurs, ingénieurs, doctorants, industriels autour des dernières avancées en protéomique, bioinformatique, spectrométrie de masse, métaprotéomique, protéomique clinique, single-cell, et bien d’autres domaines. Organisé par la European Proteomics Association (EuPA), en partenariat avec la French Proteomics Society (FPS), ce congrès a mis un point d’honneur à favoriser les échanges interdisciplinaires et internationaux.

La conférence a débuté par une session carrière et un atelier introductif intitulé Proteomics 101, suivi de la cérémonie d’ouverture et d’une conférence plénière du Dr Franck Zal, nous présentant sa société Hemarina, qui a marqué le début officiel du congrès.

Tout au long de la semaine, les journées étaient rythmées par des conférences plénières de haut niveau, des sessions parallèles thématiques, des symposiums industriels (Bruker, Sciex, Alamar Biosciences), des ateliers, des sessions posters et de nombreux flash talks mettant en lumière les jeunes chercheurs. J’ai particulièrement apprécié la richesse des thématiques abordées, allant de la protéomique clinique aux avancées technologiques en spectrométrie de masse, les approches multi-omiques, l’intégration de la bio-informatique, ainsi que la protéomique d’imagerie et subcellulaire.

La séance dédiée aux prix jeunes chercheurs a permis de découvrir des projets innovants et inspirants. En particulier, les prix de thèse EuPA et FPS ont été remis à des lauréats aux parcours remarquables, comme Laurine Lagache pour le prix FPS et Luisa Schmidt pour le prix EuPA.

L’un des moments forts, la conférence de Lennart Martens intitulée Rise of the Robots, abordant l’impact croissant de l’IA et du machine learning dans l’analyse protéomique, a suscité un grand intérêt.

Les sessions posters constituées de 244 posters au total, organisées chaque jour autour de plages horaires conviviales, ont été une excellente opportunité pour discuter directement avec d’autres chercheurs, partager des conseils techniques et découvrir des approches complémentaires aux miennes.

L’une des présentations que j’ai particulièrement appréciées était celle du Dr Christopher Kune, qui nous a proposé une méthodologie complémentaire appelée Pixel-by-Pixel Shotgun Proteomics (Pixel² Proteomics, P2P), qui fusionne la microdissection laser avec une analyse protéomique shotgun ultra-localisée. L’intérêt majeur de cette stratégie est de lier l’information fonctionnelle détaillée de la protéomique de fond à la résolution spatiale de l’imagerie, en s’affranchissant des limites de chaque méthode prise isolément

Ce congrès a été pour moi une expérience enrichissante tant sur le plan scientifique que personnel. J’en ressors motivée, avec de nouvelles pistes pour mes recherches, des contacts professionnels, et une vision plus large des enjeux actuels de la protéomique.

Parmi les conférences plénières marquantes d’EuPA 2025, celle de Carsten Hopf a captivé l’auditoire par sa présentation visionnaire sur l’utilisation de la spectrométrie de masse en imagerie (MSI) pour faire avancer la médecine de précision. Il a notamment présenté les développements récents de son équipe à l’Institut de recherche biomoléculaire de Mannheim (Mannheim Center for Translational Molecular Imaging), dans le domaine de la pharmacoprotéomique spatiale, en particulier l’imagerie MALDI couplée à des stratégies d’identification et de quantification ciblées. En exploitant des plateformes ultra-sensibles intégrant MALDI-MSI et LC-MS/MS, son équipe parvient à cartographier en 3D la distribution de centaines de protéines et métabolites directement dans des coupes tissulaires humaines ou murines, sans marquage préalable. Cette approche, mise en œuvre dans des contextes cliniques tels que les cancers solides ou les maladies inflammatoires chroniques, permet de visualiser l’effet pharmacodynamique des traitements à l’échelle cellulaire. Carsten Hopf a également insisté sur l’importance des pipelines analytiques intégrés (bioinformatique, annotation spatiale, modèles d’apprentissage automatique) pour transformer ces données en outils de décision clinique. Enfin, il a présenté des résultats récents issus de cohortes patientes dans lesquelles son équipe a pu corréler la réponse au traitement à des signatures protéiques spatialisées, ouvrant la voie à une stratification thérapeutique basée sur l’imagerie protéomique. Cette conférence a illustré avec brio comment la spectrométrie de masse d’imagerie s’impose aujourd’hui comme une technologie clé pour la médecine personnalisée.